El 20 de febrero de 1936, al igual que los demás templos ilicitanos, la Basílica de Santa María fue incendiada y parcialmente destruida, siendo restaurada años después por el arquitecto ilicitano Antonio Serrano Peral. En el incendio que sufrió a manos de izquierdistas, tanto el retablo mayor como los retablos laterales fueron incendiados y convertidos en ceniza, mientras que el magnífico órgano de tubos fue arrancado y despiezado. Asimismo desapareció la imagen original de la Mare de Déu de l’Assumpció, bajo cuya advocación está consagrado el templo. La inspección ocular que realizó al día siguiente el juez de instrucción Evaristo Olcina decía: en la Iglesia de Santa María "se ve por dentro completamente quemados los retablos, imágenes, puertas y enseres(...) En todo su interior la iglesia está ahumada y no ha caído el techo gracias a su construcción especial de embovedado de piedra..." , confirmando así los grandes daños de la histórica iglesia. En cuanto a la imagen de la Virgen, escribió:
"Sólo se podía apreciar parte del armazón de la imagen de la Virgen, formada de distintas piezas que las llamas la habían destruido. Pudieron salvarse los objetos de la caja fuerte y los libros de la Festa". Respecto a la iglesia de El Salvador, continuaba el relato: "Este edificio fue quemado completamente y no quedó del mismo más que las paredes y los arcos de hierro que sostenían la techumbre del tejado central". Igual descripción se hace del estado en que quedó la iglesia de San Juan.La imagen de la patrona de la ciudad, la Virgen de la Asunción, fue posteriormente sustituida por otra nueva, obra del escultor valenciano José Capuz, siendo bendecida en 1939.
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