La iglesia renacentista de San Juan se levantó a partir de 1526 sobre la antigua mezquita del "arrabal de los moros" , tras la definitiva obligación de conversión al cristianismo, requisito indispensable para poder seguir viviendo en la villa. Finalizada y bendecida el 24 de junio de 1601, festividad de San Juan, desapareció en un incendio en 1936.
La desaparecida iglesia renacentista de San Juan se levantó sobre el lugar que ocupaba la mezquita del arrabal, bendecida y reconvertida a templo cristiano tras la reconversión y bautismo masivo llevada a cabo en 1526. La iglesia de nueva planta fue bendecida el día de la festividad del santo patrón San Juan, el 24 de junio de 160 por el obispo de Orihuela D. José Esteban. Se erigió como rectoría mediante una bula apostólica emitida en Roma por el Papa Clemente VIII el 26 de mayo de 1602. El templo, de notables dimensiones, tenía una disposición en planta formada por una cruz latina con crucero corto que no excedía el perímetro de la nave y cúpula sobre cimborrio octogonal con cuatro capillas entre los contrafuertes situadas a cada lado de la nave. La Capilla Mayor contenía el retablo, conformado a modo de pórtico con cornisamento sustentado por dos pares de columnas con el escudo de armas del Duque de Maqueda en el ático. El retablo contenía un lienzo en el que se representaba el bautismo de Cristo por San Juan del que lamentablemente y debido a la pérdida del archivo, no sabemos ni el autor ni las características estilísticas. La iglesia renacentista de San Juan fue destruida en un incendio en 1936. Del archivo sólo han quedado actas de bautismo a partir de 1850. Salvador Perpiñan describe así la pintura del retablo: “el altar mayor de dicha iglesia es pintura finíssima y en tiempo de los moriscos, que fue en el tiempo que se hizo, les costó cerca de mil pesos”, sin embargo, Pedro Ibarra nos habla de una “pintura regular”; no sabemos si ambos describen la misma obra o si por el contrario, Perpiñan se refiere a una pintura realizada en el siglo XVI, tras la finalización del templo e Ibarra nos habla de otra pintura posterior.
En la sacristía había un lienzo pintado por Manuel Pérez, que debe tratarse del pintor ilicitano Manuel Pérez Baeza (Elche, 12-VIII-1824 – Quebec, 2-VII-1856). Manuel Pérez se dedicó a la pintura religiosa y se le atribuye la pintura de la Virgen de la Asunción del bocaporte del camarín de Santa María, desaparecido en el incendio que también arrasó el templo de Santa María en el 36.
La primera de las capillas del lado del Evangelio daba acceso a la capilla de la Comunión, y a la calle, mediante la llamada Porta Xiquica de Sant Joan. En la misma capilla se disponía una hornacina con la imagen de la Virgen del Carmen. La segunda capilla estaba dedicada al Santísimo Cristo y custodiaba las imágenes de San Juan y de la Virgen. La tercera capilla estaba dedicada a San Diego, con un lienzo realizado por el pintor de cámara de Carlos II (1661-1700), Marcos Valero. De este artista se ha conservado en la iglesia de Monserrate de Orihuela una serie de trece lienzos datados en torno a finales del siglo XVII y principios del XVIII que decoran las pilastras. En la misma capilla se encontraban las imágenes de San Francisco Xavier y de la Virgen de la Aurora. La cuarta capilla estaba dedicada a San José, conteniendo la pintura de una Virgen sobre tabla que Pedro Ibarra atribuye al estilo Juanes. A falta de mayores detalles sobre la pintura de esta Virgen y debido a la referencia a este estilo Juanes, podemos pensar en el pintor renacentista Juan de Juanes (1510-1579). La imagen a la que se refiere Ibarra podría haberse basado en el modelo iconográfico de la Inmaculada Concepción realizado en 1562 por Juan de Juanes para la iglesia de los Jesuitas de Valencia. La falta de documentación y de la obra sí abren una gran incógnita ya que el hecho de que esta pintura haya sido realizada sobre tabla, soporte con el que solía trabajar Juan de Juanes, nos puede llevar a barajar la posibilidad de que en Elche, podría haber existido una obra del pintor, o bien de su círculo.
La primera capilla del lado de la Epístola estaba dedicada a Nuestra Señora de los Dolores, con el grupo escultórico del Descendimiento ubicado en un nicho. La falta de detalles dados por Pedro Ibarra llevan a pensar que se tratase de una talla en madera de pequeño formato o bien, de un medallón con relieve. La segunda capilla estaba dedicada a Nuestra Señora de la Piedad y la tercera, a San Andrés con la imagen de Nuestra Señora de los Ángeles en el nicho. La cuarta y última capilla situada casi bajo el campanario, estaba dedicada a San Pedro Apóstol, conteniendo también una pila bautismal. Sobre esta pila bautismal, se encontraba una pintura sobre tabla con el Bautismo de Cristo. La torre del campanario de 22 metros de altura, tenía cuatro campanas, matraca y reloj. La portada, conocida por fotos antiguas, destaca sobre el paramento liso y guarda cierta similitud formal, pero mucho más simplificada en lo decorativo, con la portada de Santa Lucía del Convento de la Merced. La iglesia de San Juan desapareció en el incendio sufrido durante la Guerra Civil española el 20 de febrero de 1936 junto con la iglesia de El Salvador y la de Santa María, único templo restaurado tras estos incendios.
Fuentes: Ibarra Ruiz, Pedro Historia de Elche. Elche, 1982 (reedición). // Perpiñán, Salvador. Antigüedades y Glorias de la Villa de Elche. A cura de Vicent J. Escartí y Gabriel Sansano. Ajuntament d’Elx, 1995.